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好物推薦!Python的datatable程序包概述

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全文共 5270 字,預計學習時長 11 分鐘或更長

好物推薦!Python的datatable程序包概述_第1張圖片

圖片來源:pexels.com/@divinetechygirl

從文明之初到2003年,只創造了5艾字節的信息,但是現在每兩天就有如此之多的信息產生。

埃里克·施密特(Eric Schmidt)

如果你是R使用者,可能你已經使用過data.table程序包。Data.table是R中數據幀程序包的延伸。涉及大型數據(包括RAM中1的10GB)快速集合時,該數據包也是R使用者的首選程序包。

R的data.table程序包使用簡易方便,非常通用且擁有高性能。在R領域,此包十分出名,其每月下載量超過了4萬,幾乎650 CRAN(新型無線接入網構架)及Bioconductor包使用這個datatable包。

所以,Python使用者可以從中得到什么?好消息是Python中也有與data.table等同的程序包,稱為datatable,其明確注重大數據支持、高性能、內存外存數據集以及多線程算法。某種程度上來說,這個也可以稱為data.table的年輕同胞。

Datatable

?

好物推薦!Python的datatable程序包概述_第2張圖片

現代機器學習應用需要處理巨大數量的數據并生成多個功能。為了構建更精確的模型,這是必需的。Python的datatable模塊正是為了應對這種類問題而創建的。這就相當于是一個在單節機器上以盡可能最大的速度運行大數據(達100GB)的工具包。datatable由H2O.ai 出資開發,其首個使用者是 Driverless.ai。

此工具箱與panda非常相似,但更側重于速度和大數據支持。

Pythondatatable也力求用戶良好體驗,反饋錯誤信息,擁有強大的API(應用程序編程接口)。通過本文,可以了解如何使用此datatable以及其用于大數據時是如何優于pandas的。

安裝

在MacOs中,datatable可簡單地利用pip進行安裝:

            
              pip install datatable


            
          

在Linux中,利用二進制發行版,就可以實現安裝,如下所示:

            
              # If you have Python 3.5
pip install https://s3.amazonaws.com/h2o-
release/datatable/stable/datatable-
0.8.0/datatable-0.8.0-cp35-cp35m-
linux_x86_64.whl
            
          

目前,datatable還未能運用于Windows,但是其也正在實現對Windows的支持。

Github Repository傳送門:https://github.com/parulnith/An-Overview-of-Python-s-Datatable-package

讀取數據

使用的數據集來自于Kaggle網,屬于Lending Club Loan DataDataset。此數據集是2007——2015年所有發布的貸款信息中完整的貸款數據,包括當前貸款狀況(當前、滯后、全部付清等)以及最想念付款信息。此文件包含226萬行,145列。數據規模是datatable庫性能的最理想說明。

            
              # Importing necessary Libraries
import numpy as npimport pandas as pdimport datatable as dt
            
          

將數據加載到Frame對象中。datatable的基本分析單元就是一個Frame,這和pandas 的DataFrame 或 SQL 表是相同的概念:數據排列成具有行和列的二維數組。

利用datatable

            
              %%timedatatable_df = dt.fread("data.csv")
__________________________________CPU 
times: user 30 s, sys: 3.39 s, total: 33.4 s        
Wall time: 23.6 s
            
          

?

上述fread() 函數不僅功能強大,而且速度極快。其可自動刪除和分析絕大多數文本文件、.zip壓縮文檔中的下載數據或URLs、讀取Excel文件以及其他文件。

不僅如此,datatable分析程序還有以下功能:

· 可以自動刪除分隔符、頁眉、列類型以及引號規則等。

· 可以多源讀取數據,包括包括文件、URL、shell、原始文本、存檔和glob。

· 極速多線程文件讀取。

· 顯示讀取文件的進度條。

· 可以讀取 RFC4180相容型及非相容型文件。(傳送門:https://tools.ietf.org/html/rfc4180)

利用pandas

現在,計算一下利用pandas來讀取相同文件所用的時間。

            
              %%time
pandas_df= pd.read_csv("data.csv")
__________________________________
CPU times: user 47.5 s, sys: 12.1 s, total: 59.6 
sWall time: 1min 4s
            
          

?

結果顯示,datatable在讀取大數據集時優于pandas。因為都i相同數據時,pandas讀取時間超過了一分鐘,而datatable則只使用了數秒。

Frame轉換

現有的Frame還可以如下所示轉化為numpy或dateframe。

            
              numpy_df = datatable_df.to_numpy()
pandas_df = datatable_df.to_pandas()
            
          

?

現在將現有frame轉化為pandas的dataframe對象那個,對比所用時間。

            
              %%time
datatable_pandas = datatable_df.to_pandas()
__________________________________
CPU times: user 17.1 s, sys: 4 s, total: 21.1 
sWall time: 21.4 s
            
          

?

看來將文件讀取為datatable框架,然后將其轉換為panda的dataframe所需的時間比直接利用pandas的dataframe讀取文件所需的時間要少。所以,通過datatable導入一個大數據文件,然后將其轉換為panda的dataframe,這似乎是一個好主意。

            
              type(datatable_pandas)
__________________________________
pandas.core.frame.DataFrame
            
          

?

基礎Frame屬性

一起來看看與pandas性能相似的datatable fame的基礎性能。

            
              ?
            
          
            
              print(datatable_df.shape)       
# (nrows, ncols)print(datatable_df.names[:5])   
# top 5 column namesprint(datatable_df.stypes[:5])  
# column types(top 5)
__________________________________
(2260668, 145)
('id', 'member_id', 'loan_amnt', 'funded_amnt', 
'funded_amnt_inv')
(stype.bool8, stype.bool8, stype.int32, 
stype.int32, stype.float64)

            
          

?

也可利用head 指令輸出靠前的“n”行。

            
              datatable_df.head(10)

            
          

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datatableframe中前10行略表

顏色表示數據類型。其中,紅色表示字符串,綠色表示整數,藍色則代表浮動。

匯總統計信息

在panda中計算匯總統計信息是一個消耗內存的過程,但在datatable中就不是如此了。下面每列匯總信息均可通過datatable來計算:

            
              datatable_df.sum()      
datatable_df.nunique()datatable_df.sd()       
datatable_df.max()datatable_df.mode()     
datatable_df.min()datatable_df.nmodal()   
datatable_df.mean()

            
          

利用datatable和pandas來計算平均值,測量各所需計算時間之間的差異。

利用datatable

            
              %%timedatatable_df.mean()
__________________________________
CPU times: user 5.11 s, sys: 51.8 ms, total: 5.16 sWall time: 1.43 s
            
          

?

利用pandas

            
              pandas_df.mean()
__________________________________
Throws memory error.
            
          

?

上述指令在pandas中未能實現,因為其在開始就顯示內存錯誤。

數據操作

像dataframe這類數據表是柱狀數據結構。在datatable中,所有操作最基礎的媒介就是方括號符號,即傳統矩陣索引,只不過其具備更多的功能。

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datatable中的方括號符號

在指數矩陣、C/C++, R, pandas, numpy等數學運算中利用相同的DT[i, j]符號。來看看如何利用datatable執行常見的數據操作活動:

#選擇行/列子集

下列代碼從數據集中選擇所有的行及 funded_amnt列。

            
              datatable_df[:,'funded_amnt']
            
          

?

好物推薦!Python的datatable程序包概述_第5張圖片

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這里展示了是如何選取5行及3列的。

            
              datatable_df[:5,:3]
            
          

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#Frame排序

利用datatable

通過datatable完成利用特定列隊frame的排序,如下所示:

            
              %%timedatatable_df.sort('funded_amnt_inv')
__________________________________
CPU times: user 534 ms, sys: 67.9 ms, 
total: 602 msWall time: 179 ms
            
          

?

利用pandas

            
              %%timepandas_df.sort_values(by = 'funded_amnt_inv')
__________________________________
CPU times: user 8.76 s, sys: 2.87 s, 
total: 11.6 sWall time: 12.4 s
            
          

?

關注datatable和pandas大量的時間差異。

#刪除行/列

這里闡述了如何刪除名為member_id的列:

            
              del datatable_df[:, 'member_id']
            
          

?

#分組

就像在pandas中的一樣,datatable也有分組功能。來看看如何利用grade列來對funded_amount列平均值進行分組。

利用datatable

            
              %%timefor i in range(100):    
pandas_df.groupby("grade")["funded_amnt"].
sum()__________________________________
CPU times: user 12.9 s, sys: 859 ms, total: 13.7 
sWall time: 13.9 s
            
          

.f代表什么?

f代表frame proxy,提供一種簡單的方法來使用當前操作的Frame。就例子而言,dt.f代表dt_df。

#篩選行

篩選行的句法與分組相似。對loan_amnt的這些行進行篩選,其中,loan_amnt的值大于funded_amnt。

            
              datatable_df[dt.f.loan_amnt>dt.f.funded_amnt,"loan_amnt"
            
          

儲存Frame

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圖片來源:unsplash.com/@pinewatt

還可以將Frame的內容寫入csv文件,以便將來使用

            
              datatable_df.to_csv('output.csv')
            
          

documentation傳送門,了解更多操作功能:https://datatable.readthedocs.io/en/latest/using-datatable.html

?

結論

與默認的Panda相比,datatable模塊無疑加快了執行速度,這在處理大型數據集時無疑是一個優勢所在。然而,datatable在功能方面卻落后于Panda。但是,由于仍在積極地開發datatable,將來可能會增加一些庫。

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