之前用featureCount 處理得到結(jié)果，要提出第一列g(shù)ene_id 和 readcount 列，首先軟件輸出的第一行默認(rèn)是你使用的命令行，沒有用，用bash批量刪掉。
for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done
刪除當(dāng)前文件夾下所有文件第一行。
其實(shí)提出兩列很簡單，不過我受夠了每次一個(gè)文件執(zhí)行一次的煩。想搞成別的程序調(diào)用時(shí)命令行參數(shù)直接就行。第一次知道sys.argv這玩意，學(xué)到了。
我設(shè)置了 -i 輸入，-o 輸出 這兩個(gè)參數(shù)來判斷輸入輸出文件個(gè)數(shù)，不過對于錯(cuò)誤命令行輸入的判斷還很欠缺，畢竟只有自己用。
上代碼：
import sys
leng=len(sys.argv)
for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex
if sys.argv[i]=="-i":
it=i
if sys.argv[i]=="-o":
out=i
for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)
print(sys.argv[i])
file=open(sys.argv[i],'r')
f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
count=[]
for lines in file.readlines():
two=[]
lines=lines.rstrip('\n')
b=lines.split('\t')
two.append(b[0])
if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem
b[6]="count"
two.append(b[6])
s='\t'.join(two)
f.write(s+'\n')
f.close
其實(shí)python里面 str 和list 弄的還是昏頭昏腦的，每次都要錯(cuò)了再改。
以上就是本文的全部內(nèi)容，希望對大家的學(xué)習(xí)有所幫助，也希望大家多多支持腳本之家。
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